黑龙江省重点实验室是我省科技创新体系的重要组成部分，是我省组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流的重要基地。
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| 序号 | 实验室名称 | 依托学院 | |
| 35 | 黑龙江省船舶科学与技术重点实验室 | 船舶工程学院 | |
| 36 | 黑龙江省水下作业技术与装备重点实验室 | 机电工程学院 | |
| 37 | 黑龙江省光纤传感科学与技术重点实验室 | 物理与光电工程学院 | |
| 38 | 黑龙江省船舶结构冲击动力学重点实验室 | 船舶工程学院 | |
| 39 | 黑龙江省新一代网络技术与信息保障重点实验室 | 计算机科学与技术学院 | |
| 40 | 黑龙江省船舶与海洋先进材料及制造技术重点实验室 | 材料科学与化学工程学院 | |
| 41 | 黑龙江省核动力装置性能与设备重点实验室 | 核科学与技术学院 | |
| 42 | 黑龙江省海洋信息技术重点实验室 | 水声工程学院 | |
| 43 | 黑龙江省高精度卫星导航及海洋应用重点实验室 | 智能科学与工程学院 | |
| 44 | 黑龙江省环境智能感知重点实验室 | 智能科学与工程学院 | |
| 45 | 黑龙江省生物医学材料与器件点实验室 | 材料科学与化学工程学院 | |
| 46 | 黑龙江省工程应用数学重点实验室 | 数学科学学院 | |
| 47 | 黑龙江省先进复合材料与结构力学重点实验室 | 航天与建筑工程学院 | |
| 48 | 黑龙江省多学科协同认知人工技术与应用重点实验室 | 智能科学与工程学院 | |
| 49 | 黑龙江省低碳清洁能源动力技术重点实验室 | 动力与能源工程学院 | |
